Pour répondre aux exigences de la ligue, le club se constitue en Société anonyme en 2000, sous la présidence de Jean-Jacques Miserez. Mais les fortes dettes de l’Association plombent les finances du club.
La création de la S.A. coïncide aussi avec une nouvelle ascension en LNA, le HCC profitant d’un élargissement de la catégorie pour monter en même temps que Coire, après une victoire contre Genève-Servette en demi-finale, durant les prolongations du 5ème match, dans une patinoire pleine comme un œuf.
L’aventure ne durera qu’une saison. Le HCC est relégué une année plus tard par son « meilleur ennemi », le Lausanne HC, coaché par Riccardo Fuhrer.
La saison suivante, le HCC bute en finale sur une équipe de Genève-Servette, taillée par le groupe Anschutz et sous la houlette de Chris McSorley, pour la LNA. Le HCC s’incline en quatre matchs et autant de défaites.
S’ensuivent alors des saisons de galère (une seule participation aux play-offs). Le club ne doit sa survie en LNB qu’au fait qu’il n’y a pas de série de promotion/relégation avec la 1ère ligue. Durant cette période, le club fait plus parler de lui en fin de saison que sur la glace, alors qu’il s’agit d’effacer les pertes et de recapitaliser pour éviter la faillite. L’épisode Tom Stewart ajoute encore un peu plus à la misère ambiante.
Le HCC peut compter durant cette période noire sur un président, Claude Monbaron, qui ne quittera jamais les commandes d’un navire alors en perdition et donnera encore un ultime coup de fouet pour relancer le club au terme de la saison 2005/06, avant de passer le témoin à Adrien Koller, lequel fera une saison de transition avant de céder la place à Marius Meijer. Le mot d’ordre de ce dernier : ne pas dépenser l’argent qu’on a pas. Cette nouvelle sagesse permet au club de retrouver une stabilité sportive et financière.
